Ma `lumot

Ikki zanjirli RNK (dsRNK) eukaryotik hujayralarda mavjudmi?


Bilaman, bu ahmoqona savolga o'xshaydi. Shubhasiz, tRNK va rRNK, masalan, halqa hosil qiladi va shuning uchun dsRNK deb hisoblanishi mumkin... lekin ular haqiqatan ham shunday deb hisoblanadimi?

Eukaryotik hujayralardagi RNKlarning faqat dsRNK sifatida ko'rib chiqilishi mumkin bo'lgan misollari bormi yoki dsRNKlar ma'lum viruslar uchun noyob hisoblanadimi?

Yordamingiz uchun oldindan rahmat. Men darsliklarim va internetda bu savolga aniq javob topa olmadim, shuning uchun yordam berasiz degan umiddaman.


Ha, dsRNKlar eukaryotik hujayralarda mavjud va turli biologik jarayonlarni tartibga soladi.

Bu nuklein kislotalar yadroda ham mavjud va mitozni tartibga soladi. Ushbu nuklein kislotani o'zgartirish hatto hujayra o'limiga olib kelishi mumkin.

(Ma'lumotnoma: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25504323/)


Men buni juda qisqa va sodda qilib qo'yaman.

dsRNK translatsiya darajasida gen ifodasini tartibga solishda juda muhim ahamiyatga ega.

Bizning tizimimizda ma'lum bir mRNKni biroz to'ldiruvchi o'ziga xos miRNK (mikroRNK) mavjud va miRNK-mRNK bilan bog'lanish bizning tizimimiz tomonidan hujayra darajasida parchalanadigan ikki zanjirli molekula hosil qiladi. Shunday qilib, u mRNK (lar) ning tarjimasini boshqaradi.

miRNK haqida qo'shimcha o'qish - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6085463/


O'simliklarda RNKning sustlashishi

O'simliklardagi o'ziga xos genlarni o'chirish uchun kamida uchta RNK o'chirish yo'llari mavjud. Ushbu yo'llarda ovozni o'chirish signallari kuchaytirilishi va hujayralar o'rtasida uzatilishi va hatto qayta aloqa mexanizmlari bilan o'zini o'zi boshqarishi mumkin. Ushbu yo'llarning turli xil biologik rollari aniqlangan, jumladan viruslardan himoyalanish, gen ekspressiyasini tartibga solish va xromatinning geteroxromatinga kondensatsiyasi. Endi biz genom nazoratining genetik va epigenetik mexanizmlarida ushbu funktsional xilma-xillikning to'liq ko'lamini o'rganish uchun yaxshi holatdamiz.


<p>Ushbu bo'lim oqsil va gen nom(lar)i va sinonim(lar)i hamda oqsil ketma-ketligining manbai bo'lgan organizm haqida ma'lumot beradi.<p><a href='/help/names_and_taxonomy_section' target='_top'> Ko'proq. </a></p> Ismlar &Taksonomiya i

<p>Avtomatik protseduralar yordamida boshqa ma'lumotlar bazasidan import qilingan ma'lumotlar.</p> <p><a href="/manual/evidences#ECO:0000313">Batafsil. </a></p></p> Ma'lumotlar bazasi yozuvlaridan avtomatik tasdiqlash i


Tadqiqot savollari

Qanday miRNKlar mavjud?

So'nggi bir necha yil ichida olimlar har bir turda qaysi miRNKlar mavjudligini aniqladilar. Ko'pchilik ma'lum miRNKlar tasodifiy klonlash va sekvensiyalash tadqiqotchilari miRNKlarni umumiy RNK namunasidan kichik RNKni fraktsiyalash, so'ngra bu kichik RNK molekulalarini klonlash va sekvensiyalash orqali klonlash orqali aniqlangan. Ushbu usul yordamida noyob miRNKni ochish ehtimoli taxminan 0,01% - bu kashfiyotlarni juda ko'p vaqt va mashaqqatli qiladi. Belgilanishi kerak bo'lgan miRNKlar kamroq o'rganilgan organizmlar va to'qimalarda ifodalanadi. So'nggi tadqiqotlar bioinformatikaga qaratilgan bo'lib, algoritmlar miRNKlar mavjudligi bilan bog'liq bo'lgan soch iplari va boshqa tuzilmalar mavjudligiga asoslangan miRNKlarni bashorat qiladi [4-8].

MiRNK qanday genlarni boshqaradi?

MiRNK tavsifi faol tadqiqot sohasi bo'lsa-da, miRNKlarning ahamiyati ular tartibga soluvchi genlar va biologik yo'llarni aniqlashda yotadi. Bu jarayonni qiziqtirgan namunalardagi miRNK profillarini o'rganish (ya'ni, namunalar orasida qaysi o'ziga xos miRNKlar yuqoriga va pastga tartibga solinishini aniqlash) boshlanadi. Maxsus miRNKlar allaqachon rivojlanishning dastlabki bosqichi, hujayra differentsiatsiyasi, hujayra o'limi, saraton va virusli infektsiyani tartibga solish bilan bog'liq bo'lib, miRNKlarning hujayra biologiyasida o'ynaydigan ba'zi muhim rollarini ko'rsatadi. Biroq, 230 ta sutemizuvchilar miRNKlaridan faqat 10 tasiga funktsiya berilgan va bu kashfiyot uchun juda ko'p imkoniyatlarni qoldiradi.

MicroRNK ifodasi profilini yaratish namunalardan (masalan, normal va kasal to'qimalarda) kichik RNK fraktsiyasini ajratib olishni va har birida miRNK ifoda darajasini solishtirishni, masalan, massiv tahlilini o'z ichiga oladi. Ushbu kichik RNKlarni yirik nuklein kislotalardan, shuningdek, tRNK, rRNK va prekursor miRNKlarni o'z ichiga olgan boshqa kichik RNKlardan tozalashdagi qiyinchiliklar tufayli miRNKlarni izolyatsiya qilish qiyin bo'lishi mumkin.

Savdoda mavjud bo'lgan ko'pgina RNK izolyatsiyalash to'plamlari kichik RNKlarni (<200 nt) ushlamasa ham, Ambion kichik RNKlarni miqdoriy izolyatsiyasi uchun maxsus optimallashtirilgan ikkita to'plamni taklif qiladi ( mirVanaT miRNA izolyatsiya to'plami) yoki bir xil namunadagi kichik RNK va oqsil ( mirVana PARIST to'plami).

Global miRNK ifodasi profilini mikroarray tahlili orqali amalga oshirish mumkin, ammo faqat etuk miRNKdan foydalanish kerak. Etuk miRNK larni miRNK prekursoridan ajratib olish uchun miniatyura ustunli elektroforez tizimi bo'lgan flashPAGET tizimidan an'anaviy, ko'p vaqt talab qiluvchi PAGE jellarini ishlatmasdan kichik nuklein kislotalarni tezda tozalash uchun foydalanish mumkin.

MicroRNK massivini profillash mirVana miRNA yorliqlash to'plami bilan taqqoslash namunalaridan olingan miRNK fraksiyalarini differentsial tarzda belgilash orqali amalga oshiriladi. Belgilangan miRNKlar keyin gibridlangan massiv yordamida aniqlanadi mirVana miRNA prob to'plami, unda barcha ma'lum inson, sichqon va kalamush miRNKlari uchun zondlar mavjud.

Massiv tahlilidan so'ng mikroRNK ifodasi ikkinchi darajali usul bilan tasdiqlanishi kerak, masalan, Northern blot tahlili yoki yanada sezgir eritma gibridizatsiyasi tahlillari (masalan, mirVana miRNKni aniqlash to'plami). Shimoliy blot yoki eritma gibridizatsiyasi tahlili uchun zondlar ikkala yordamida ham yaratilishi mumkin mirVana miRNA probi va marker to'plami yoki mirVana miRNA probini qurish to'plami.

Maxsus miRNKlarning vazifasi nima?

MicroRNK funktsional tahlili standart genlarni o'rganish uchun ishlatiladigan protokollarga o'xshash protokollar bilan amalga oshirilishi mumkin: fenotipik javoblardan o'lchovlarni tahlil qilish yoki reportyor tahlillari. MikroRNK faolligi funktsiyani oshirish fenotiplarini aniqlash uchun yuqori tartibga solinishi va funktsiyani yo'qotish fenotiplarini aniqlash uchun pastga regulyatsiya qilinishi yoki inhibe qilinishi mumkin. Bundan tashqari, miRNKning yuqoriga va pastga regulyatsiyasining kutubxona ekranlari o'ziga xos miRNKlar tomonidan boshqariladigan genlarni aniqlash, shuningdek, o'ziga xos miRNKlar ta'sir qiladigan hujayra jarayonlarini aniqlash uchun ishlatilishi mumkin.

Pre-miRT miRNK prekursor molekulalari va anti-miRT miRNK ingibitorlari miRNK funktsiyasini tahlil qilish uchun ishlatiladi, chunki ular mos ravishda o'ziga xos miRNK faolligini oshiradi yoki kamaytiradi. Funktsional tadqiqotlar miqdoriy, fenotipik tahlillarni talab qiladi (masalan, oqsil darajasi, faolligi yoki modifikatsiyasi oqsil yoki organellalar tashish hujayra morfologiyasi yoki raqam hujayra sikli holati membranadagi potentsial kaltsiy miqdori va boshqalar). miRNK faolligini pasaytirish. Potentsial miRNK funksiyasi (masalan, miRNK ifodalash naqshlari yoki turli xil hujayralardagi darajalar) haqidagi oldindan mavjud ma'lumotlarga qarab, individual yoki bir qator miRNKlar maqsadli bo'lishi mumkin va hujayralar fenotipdagi o'zgarishlar uchun tekshirilishi mumkin.

pMIR-REPORTT miRNA Reporter vektori juda sezgir lusiferaza mRNK transkriptlaridan miRNK va maqsadli saytlar o'rtasidagi o'zaro ta'sirlarni o'rganish uchun foydali bo'lgan reportyor vektori va nisbiy miRNK faollik darajasini o'lchash uchun ishlatilishi mumkin. ning 3' tarjima qilinmagan hududida (3' UTR) klonlash sayti lusiferaza gen tadqiqotchilarga madaniy hujayralardagi potentsial miRNK maqsadli saytlarini sinab ko'rish imkonini beradi. Aksincha, agar miRNKning maqsadli joylari allaqachon tavsiflangan bo'lsa, hujayralarni turli xil birikmalar bilan davolash yoki miRNK faolligini sun'iy ravishda oshirish yoki kamaytirish (masalan, Pre-miR miRNK prekursor molekulalarini yoki Anti-miR miRNK inhibitörlerini transfeksiya qilish orqali) tadqiqotchilarga miRNK faolligini kuzatish imkonini beradi.


<p>Ushbu bo'limda oqsil haqida foydali ma'lumotlar, asosan biologik ma'lumotlar mavjud.<p><a href='/help/function_section' target='_top'>Batafsil. </a></p> Funktsiya i

Tahrirlash faolligi yo'q. U boshqa ADAR fermentlarining in vitro maqsadlariga ulanishini oldini oladi va bu fermentlarning samaradorligini pasaytiradi. dsRNK bilan bir qatorda ssRNK bilan ham bog'lana oladi (o'xshashligi bo'yicha).

Saytlar

Xususiyatlar kalitiLavozim(lar)Harakatlar tavsifi Grafik ko'rinishUzunlik
<p><a href="http://www.uniprot.org/help/function%5Fsection">Funktsiya</a> bo'limining ushbu kichik bo'limi oqsilning berilgan metall ionini qaysi pozitsiyada bog'lashini ko'rsatadi. Metallning tabiati "Ta'rif" maydonida ko'rsatilgan.<p><a href='/help/metal' target='_top'>Batafsil. </a></p> Metall bog'lash i 438 Sink PROSITE-ProRule izohi

<p>UniProtKB avtomatik izoh tizimi tomonidan yaratilgan qo'lda tasdiqlangan ma'lumotlar.</p> <p><a href="/manual/evidences#ECO:0000255">Batafsil. </a></p> Qoidalarga muvofiq qo'lda tasdiqlash i


<p>Ushbu bo'limda oqsil haqida foydali ma'lumotlar, asosan biologik ma'lumotlar mavjud.<p><a href='/help/function_section' target='_top'>Batafsil. </a></p> Funktsiya i

A-to-I RNK tahrirlash deb ataladigan ikki zanjirli RNKda (dsRNK) adenozinning inozinga gidrolitik dezaminlanishini katalizlaydi. Bu gen ekspressiyasi va funktsiyasiga bir qancha usullar bilan ta'sir qilishi mumkin, jumladan, kodonlarni o'zgartirish orqali mRNK translatsiyasini va shuning uchun mRNKning aminokislotalar ketma-ketligini o'zgartirish orqali oqsillarning aminokislotalar ketma-ketligini aniqlash joyini aniqlash ketma-ketligini o'zgartirish orqali RNK barqarorligini nukleazalarni tanib olishda ishtirok etadigan ketma-ketlikni o'zgartirish orqali genetik barqarorlik. Virusli RNK replikatsiyasi va mikroRNK ishlab chiqarish yoki maqsadli yoki oqsil-RNK o'zaro ta'siri kabi RNK tuzilishiga bog'liq faoliyat davomida ketma-ketlikni o'zgartirish orqali RNK virusi genomlari holati. Virusli va hujayrali RNKlarni tahrirlashi mumkin va RNKlarni bir nechta saytlarda (giper tahrirlash) yoki muayyan saytlarda (saytga xos tahrirlash) tahrirlashi mumkin. Uning hujayrali RNK substratlariga quyidagilar kiradi: siydik pufagi saratoni bilan bog'liq protein (BLCAP), glutamat uchun neyrotransmitter retseptorlari (GRIA2) va serotonin (HTR2C) va GABA retseptorlari (GABRA3). Ushbu oqsillarni kodlaydigan transkriptlarning saytga xos RNK tahriri aminokislotalarning almashtirilishiga olib keladi, natijada ularning funktsional faolligi o'zgaradi. GRIA2 Q/R saytida past darajadagi tahrirlashni namoyish etadi, lekin R/G saytida va HOTSPOT1 da samarali tahrir qiladi. Poliomavirus replikatsiyasiga ta'sir qilmaydi, lekin virus keltirib chiqaradigan sitopatik ta'sirlardan himoya qiladi. Embrion rivojlanishi va hujayra omon qolishi uchun zarur va gematopoetik ildiz hujayralarini saqlashda muhim rol o'ynaydi.

<p>Eksperimental dalillar chop etilgan qo'lda tanlangan ma'lumotlar.</p> <p><a href="/manual/evidences#ECO:0000269">Batafsil. </a></p> i.dagi tajribaga asoslangan qo'lda tasdiq


Kirish imkoniyatlari

1 yil davomida jurnalga to'liq kirish huquqiga ega bo'ling

Barcha narxlar NET narxlardir.
QQS keyinroq to‘lov vaqtida qo‘shiladi.
Soliqlarni hisoblash to'lov paytida yakunlanadi.

ReadCube-da cheklangan vaqt yoki maqolaga to'liq kirish huquqiga ega bo'ling.

Barcha narxlar NET narxlardir.


Ikki zanjirli RNK (dsRNK) eukaryotik hujayralarda mavjudmi? - Biologiya

MikroRNKlar (miRNKlar) yaqinda aniqlangan hujayrali RNKlar klassi bo'lib, translatsiya darajasida protein ifodasini tartibga soladi. Faol, etuk miRNKlar eukaryotik hujayralarda ifodalangan 1724 ta asosli, bir zanjirli RNK molekulalari bo'lib, maqsadli xabarchi RNKlarning tarjimasi yoki barqarorligiga ta'sir qilishi ma'lum. Har bir mikroRNK bir nechta genlarni tartibga soladi deb ishoniladi, bashoratlarga ko'ra, barcha inson genlarining uchdan biridan ko'prog'i miRNK molekulalari tomonidan boshqarilishi mumkin [1].

Taxminan 230 miRNKni kodlovchi genlar allaqachon sutemizuvchilarda aniqlangan [2]. Qizig'i shundaki, miRNKlarning 90% dan ortig'i turlar orasida to'liq saqlanib qolgan, bu molekulalar kichik ketma-ketlik o'zgarishlariga sezgir va potentsial ravishda favqulodda tanlov bosimi ostida bo'lishini ko'rsatadi. Bu erda biz miRNKlarni tahlil qilish uchun umumiy ma'lumot beramiz va miRNK ifodasi, funktsiyasi va maqsadlarini baholashga yordam beradigan ba'zi maxsus vositalarni tavsiflaymiz.

MikroRNKlar (miRNKlar) eukaryotik hujayralarda ifodalangan yuqori darajada saqlanib qolgan tartibga soluvchi molekulalardir. Yaqinda Cell-da nashr etilgan ma'lumotlar shuni ko'rsatadiki, ba'zi genlarning ifodasi oqsillarni kodlaydigan messenjer RNKlar darajasidan ko'ra tartibga soluvchi miRNKlar darajasiga ko'proq bog'liq bo'lishi mumkin [3]. MikroRNKlar qisqa interferentli RNKlarga (siRNK) o'xshash mexanizm orqali ishlaydi, chunki bu ikkala turdagi kichik, bir zanjirli RNK molekulalari ham o'ziga xos xabarchi RNK transcriptlarini nishonga oladi va oqsil ifodalanishini oldini oladi, ammo miRNKlar siRNKlardan farq qiladi, chunki miRNKlar endogen molekulalar kodlangan. hayvonlar va o'simliklar genomlarida (1-rasm). MiRNKlarning ahamiyatini inobatga olgan holda, bu biomolekulalar rivojlanish, hujayra proliferatsiyasi, differentsiatsiyasi, hujayra aylanishi va kasalliklar (masalan, saraton va virusli infektsiyalar) haqidagi tushunchamizni yaxshilash uchun ajoyib imkoniyatdir.

1-rasm. miRNKni qayta ishlash yo'li. (1) miRNKlar yadroda 5 ta qopqoq va 3 ta poli(A) dumli uzun birlamchi miRNK transkriptlarining (Pri-miRNK) qismlari sifatida ifodalanadi. (2) Pri-miRNK ning miRNK ketma-ketligi atrofida hosil bo'lishi mumkin bo'lgan soch turmagi tuzilishi, miRNK (Pre-miRNA) prekursorini ishlab chiqarish uchun ikki zanjirli (ds) ribonukleaza (Drosha) tomonidan hazm qilish uchun signal sifatida ishlaydi. (3) Exportin-5 pre-miRNKlarning yadroviy eksportiga vositachilik qiladi. (4) Sitoplazmatik dsRNK nukleazasi (Dicer) 14 nt 3' o'simtalar qoldirib, pre-miRNKni parchalaydi. Bitta zanjirli etuk miRNK RNK induced Silence kompleksi (RISC) ga o'xshash bo'lsa ham, o'xshash kompleks bilan bog'lanadi. (5) MiRNK/RISC kompleksi o'ziga xos mRNKlarning 3' tarjima qilinmagan mintaqasidagi ketma-ketliklarga bog'lanish orqali oqsil translatsiyasini bostiradi. Tarjimani repressiya qilishning aniq mexanizmi hali ham aniqlanmagan. *=etuk miRNK ketma-ketligi

Tadqiqot savollari
Qanday miRNKlar mavjud?

So'nggi bir necha yil ichida olimlar har bir turda qaysi miRNKlar mavjudligini aniqladilar. Ko'pchilik ma'lum miRNKlar tasodifiy klonlash va sekvensiyalash tadqiqotchilari tomonidan miRNKlarni umumiy RNK namunasidan kichik RNKni fraksiyalash, so'ngra bu kichik RNK molekulalarini klonlash va sekvensiyalash yo'li bilan aniqlangan (MikroRNK klonlash haqida umumiy ma'lumotga qarang). Ushbu usul yordamida noyob miRNKni ochish ehtimoli taxminan 0,01% - bu kashfiyotlarni juda ko'p vaqt va mashaqqatli qiladi. Belgilanishi kerak bo'lgan miRNKlar kamroq o'rganilgan organizmlar va to'qimalarda ifodalanadi. So'nggi tadqiqotlar bioinformatikaga qaratilgan bo'lib, algoritmlar miRNKlar mavjudligi bilan bog'liq bo'lgan soch iplari va boshqa tuzilmalar mavjudligi asosida miRNKlarni bashorat qiladi [48].

MiRNK qanday genlarni boshqaradi?

MiRNK tavsifi faol tadqiqot sohasi bo'lsa-da, miRNKlarning ahamiyati ular tartibga soluvchi genlar va biologik yo'llarni aniqlashda yotadi. Bu jarayonni qiziqtirgan namunalardagi miRNK profillarini o'rganish (ya'ni, namunalar orasida qaysi o'ziga xos miRNKlar yuqoriga va pastga tartibga solinishini aniqlash) boshlanadi. O'ziga xos miRNKlar allaqachon rivojlanishning dastlabki bosqichi, hujayra differentsiatsiyasi, hujayra o'limi, saraton va virusli infektsiyani tartibga solish bilan bog'liq bo'lib, miRNKlarning hujayra biologiyasida o'ynaydigan ba'zi muhim rollarini ko'rsatadi. Shu bilan birga, 230 ta sutemizuvchilar miRNKlaridan faqat 10 tasiga funktsiya berilgan va bu kashfiyot uchun juda ko'p imkoniyatlarni qoldiradi.

MicroRNK ifodasi profilini yaratish namunalardan (masalan, normal va kasal to'qimalarda) kichik RNK fraktsiyasini ajratib olishni va har birida miRNK ifoda darajasini solishtirishni, masalan, massiv tahlilini o'z ichiga oladi. Ushbu kichik RNKlarni yirik nuklein kislotalardan, shuningdek, tRNK, rRNK va prekursor miRNKlarni o'z ichiga olgan boshqa kichik RNKlardan tozalashdagi qiyinchiliklar tufayli miRNKlarni izolyatsiya qilish qiyin bo'lishi mumkin.

Manba:


Sahifa: Hammasi 1 2 3 4 5 6 7 8 9
Tegishli biologiya texnologiyasi:


Videoni tomosha qiling: Fotosintez Fotoliz Antiqa usulda judayam oson usulda tushuntirilgan (Dekabr 2021).