Ma `lumot

MLPA da zondni kuchaytirish


Men MLPA (Multiplex ligation-dependent zond amplification) haqidagi maqolani o'qiyapman va men ushbu jumlaga yopishib oldim:

Probni ikki qismga bo'lishning afzalligi shundaki, faqat bog'langan oligonükleotidlar kuchayadi, lekin bog'lanmagan zond oligonukleotidlari emas.

Men tushunmagan printsip nima uchun bog'lanmagan oligonükleotidlar kuchaytirilmaydi? Mening PCR haqidagi hozirgi tushunchamga ko'ra, primerlar odatda tavlanishi va oligonukleotid oxirida tugaydigan bo'laklarni hosil qilishi kerak ("ligatsiyalash joyida" - shuning uchun ular qisqaroq bo'lar edi, lekin ular o'sha erda bo'lishi kerak), men noto'g'ri ?


Men MLPA-ni ishlab chiquvchi MRC-Holland uchun ishlayman va Kacper tushuntirgan narsa haqiqatan ham shunday. Bog'lanmagan har qanday RPO (o'ng prob oligo) MLPA reaktsiyasida ham kuchaytiriladi, chunki teskari primer RPO ning primer bog'lash joyiga bog'lanishi mumkin. LEKIN, bu bog'lanmagan RPO oligosida (flüorentli etiketli) oldinga primer uchun bog'lanish joyi YO'Q BO'LGANligi sababli, kuchaytirish shu yerda tugaydi. LIGATED problari, aksincha, HAR IKKI primer uchun bog'lanish joyini o'z ichiga oladi va shuning uchun eksponent ravishda kuchaytiriladi. Bundan tashqari, lyuminestsent yorlig'i faqat bog'langan problardan kelib chiqadigan amplikonlarga kiritilgan.


O'ylaymanki, bog'lanmagan oligonukleotid ham "kuchaytiriladi", lekin ancha kichikroq miqyosda (?zondning faqat bir qismi?). Masalan, PCRning 6-bosqichidan so'ng siz bog'langan zondning 2^6=64 amplikoniga ega bo'lasiz, lekin bitta bog'lanmagan qism uchun atigi 6 ta (?ikkinchi starter zondning antisens oligonukletidining ikkinchi qismiga biriktirish uchun mo'ljallangan?). 30 ta yugurishdan so'ng, faqat to'g'ri bog'langan zondni aniqlashga imkon beruvchi katta farq bor. Men haq ekanligimga ishonchim komil emas, lekin men buni shunday tushundim. Tinchlik :)