Ma `lumot

Saratonda xromosomalarni yo'q qilish belgisi

Saratonda xromosomalarni yo'q qilish belgisi


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Saraton adabiyotida ko'pincha xromosomaning ma'lum bo'limlarini yo'q qilish haqida gap boradi (masalan, 17-xromosomaning p-qo'lini o'chirish uchun "17p del" yoki "Del (17p)").

Bu ko'rsatilgan sitoband uchun xromosomaning ikkala alleli ham o'chirilganligini anglatadimi (ya'ni, nusxa ko'chirish soni tahlili bu holda nolga teng bo'ladi)? Yoki bu allellardan biri o'chirilganligini va shuning uchun bittasi qolganligini anglatadimi (nusxalash soni tahlili bu holda 1 nusxa raqamini ko'rsatadi)?

rahmat


9q22.3 mikrodeletsiya

9q22.3 mikrodeletsiya xromosoma o'zgarishi bo'lib, unda har bir hujayrada 9-xromosomaning kichik bo'lagi o'chiriladi. Yo'q qilish xromosomaning uzun (q) qo'lida q22.3 bilan belgilangan hududda sodir bo'ladi. Ushbu xromosoma o'zgarishi kechiktirilgan rivojlanish, aqliy zaiflik, ma'lum jismoniy anormallik va Gorlin sindromi deb ataladigan genetik holatning xarakterli xususiyatlari bilan bog'liq.

9q22.3 mikrodeletsiyasi bo'lgan ko'plab odamlar rivojlanishni kechiktirdi, ayniqsa o'tirish, turish va yurish kabi vosita ko'nikmalarini rivojlantirishga ta'sir qiladi. Ba'zi odamlarda kechikishlar vaqtinchalik bo'lib, bolalik davrida yaxshilanadi. Og'irroq ta'sirlangan odamlarda aqliy zaiflik va o'rganish muammolari bilan birga doimiy rivojlanish nogironligi mavjud. 9q22.3 mikrodeletsiyasi bo'lgan odamlarda kamdan-kam hollarda tutilishlar qayd etilgan.

9q22.3 mikrodeletsiyasi bo'lgan odamlarning taxminan 20 foizi haddan tashqari o'sishni (makrosomiya) boshdan kechiradi, bu esa zarar ko'rmagan tengdoshlariga qaraganda bo'y va vaznning oshishiga olib keladi. Makrosomiya ko'pincha tug'ilishdan oldin boshlanadi va bolalik davrida davom etadi. Ba'zida 9q22.3 mikrodelesiyasi bilan bog'liq bo'lgan boshqa jismoniy o'zgarishlarga bosh suyagidagi ma'lum suyaklarning erta birlashishi (metopik kraniosinostoz) va miyada suyuqlik to'planishi (gidrosefali) kiradi. Ta'sirlangan odamlar, shuningdek, vertikal teri burmalari bilan ko'zga ko'ringan peshona, yuqoriga yoki pastga egilgan ko'zlar, qisqa burun va burun va yuqori lab (filtr) orasidagi uzun bo'shliq kabi o'ziga xos yuz xususiyatlariga ega bo'lishi mumkin.

9q22.3 mikrodeletsiyalari Gorlin sindromining xarakterli xususiyatlarini ham keltirib chiqaradi (nevoid bazal hujayrali karsinoma sindromi deb ham ataladi). Bu genetik holat tananing ko'p joylariga ta'sir qiladi va turli saraton va saratonsiz o'smalarni rivojlanish xavfini oshiradi. Gorlin sindromi bo'lgan odamlarda ko'pincha tashxis qo'yilgan saraton turi bazal hujayrali karsinoma bo'lib, teri saratonining eng keng tarqalgan shakli hisoblanadi. Bunday kasallikka chalinganlarning aksariyati jag'ning saratonsiz (yaxshi) o'smalarini rivojlantiradi, ular keratokistik odontogen o'smalar deb ataladi, bu esa yuzning shishishi va tishlarning siljishiga olib kelishi mumkin. Gorlin sindromi bo'lgan ba'zi odamlarda paydo bo'ladigan boshqa turdagi o'smalarga medulloblastoma deb ataladigan bolalik davridagi miya saratoni va yurakda yoki ayolning tuxumdonlarida paydo bo'ladigan fibroma deb ataladigan yaxshi o'sma turi kiradi. Gorlin sindromining boshqa belgilariga qo'l kaftlari va oyoq taglari terisida kichik chuqurliklar (chuqurliklar) kiradi, ular boshning g'ayrioddiy kattaligi (makrossefaliya), peshonasi ko'zga ko'rinadigan va umurtqa pog'onasi, qovurg'alar yoki bosh suyagi bilan bog'liq skelet anormalliklari.


Sitogenetik joylashuv

Genetiklar genning sitogenetik joylashuvini tavsiflashning standartlashtirilgan usulidan foydalanadilar. Ko'pgina hollarda, joy bo'yalgan xromosomadagi ma'lum bir bandning holatini tavsiflaydi:

Agar aniq joylashuvi haqida kamroq ma'lum bo'lsa, u bir qator bantlar sifatida ham yozilishi mumkin:

Raqamlar va harflarning kombinatsiyasi xromosomadagi genning "manzilini" beradi. Bu manzil bir necha qismlardan iborat:

Genni topish mumkin bo'lgan xromosoma. Genning joylashishini tavsiflash uchun ishlatiladigan birinchi raqam yoki harf xromosomani ifodalaydi. 1 dan 22 gacha bo'lgan xromosomalar (autosomalar) xromosoma soni bilan belgilanadi. Jinsiy xromosomalar X yoki Y bilan belgilanadi.

Xromosomaning qo'li. Har bir xromosoma tsentromera deb ataladigan torayish (konstriksiya) joylashuviga qarab ikki qismga (qo'llarga) bo'linadi. An'anaga ko'ra, qisqaroq qo'l p, uzunroq qo'l esa q deb ataladi. Xromosoma qo'li gen manzilining ikkinchi qismidir. Masalan, 5q - 5-xromosomaning uzun qo'li, Xp - X xromosomasining qisqa qo'li.

Genning p yoki q qo'lidagi holati. Genning pozitsiyasi xromosoma ma'lum bir tarzda bo'yalganida paydo bo'ladigan yorug'lik va qorong'i chiziqlarning o'ziga xos naqshiga asoslanadi. Lavozim odatda ikkita raqam (mintaqa va diapazonni ifodalaydi) bilan belgilanadi, ulardan keyin ba'zan o'nlik nuqta va bir yoki bir nechta qo'shimcha raqamlar (yorug'lik yoki qorong'i hududdagi pastki diapazonlarni ifodalaydi). Gen pozitsiyasini ko'rsatadigan raqam sentromeradan masofa bilan ortadi. Masalan: 14q21 14-xromosomaning uzun qoʻlidagi 21-pozitsiyani ifodalaydi. 14q21 14q22 ga qaraganda sentromeraga yaqinroq.

Ba'zida "cen" yoki "ter" qisqartmalari genning sitogenetik joylashuvini tavsiflash uchun ham ishlatiladi. "Cen" genning sentromeraga juda yaqin ekanligini ko'rsatadi. Masalan, 16psen sentromera yaqinidagi 16-xromosomaning qisqa qo'lini anglatadi. "Ter" terminusni anglatadi, bu genning p yoki q qo'lning oxiriga juda yaqin ekanligini ko'rsatadi. Masalan, 14qter uzun qo'lning uchini yoki 14-xromosomaning eng oxirini anglatadi.

The CFTR gen 7-xromosomaning uzun qo'lida 7q31.2 pozitsiyasida joylashgan.


Xromosoma xaritasi

Bizning genetik ma'lumotlarimiz kattaligi va shakli bo'yicha har xil bo'lgan 23 juft xromosomada saqlanadi. 1-xromosoma eng kattasi bo'lib, 22-xromosomadan uch baravar kattaroqdir. 23-juft xromosomalar jinsimizni aniqlaydigan ikkita maxsus xromosoma, X va Y xromosomalaridir. Ayollarda bir juft X xromosoma (46, XX), erkaklarda bitta X va bitta Y xromosoma (46, XY) mavjud. Xromosomalar DNK dan tuzilgan, genlar esa xromosoma DNK ning maxsus birliklaridir. Har bir xromosoma juda uzun molekuladir, shuning uchun uni samarali qadoqlash uchun oqsillar atrofiga mahkam o'rash kerak.

Har bir xromosoma markazi yaqinida uning sentromerasi joylashgan bo'lib, xromosomani uzun qo'l (q) va qisqa qo'l (p) ga bo'ladigan tor mintaqa joylashgan. Biz xromosomalarni tarmoqli naqsh deb nomlanuvchi chiziqlar hosil qiluvchi maxsus dog'lar yordamida qo'shimcha ajratishimiz mumkin. Har bir xromosoma o'ziga xos tarmoqli naqshiga ega va har bir tasma xromosomaning ma'lum bir hududini aniqlashga yordam berish uchun raqamlangan. Genni xromosomaning ma'lum bir bandiga solishtirishning bu usuli sitogenetik xaritalash deb ataladi. Masalan, gemoglobin beta geni (HBB) 11p15.4 xromosomasida joylashgan. Bu shuni anglatadiki, HBB gen 11-xromosomaning qisqa qo'lida (p) yotadi va 15.4 bilan belgilangan bandda joylashgan.

DNK tahlilining yangi usullari paydo bo'lishi bilan biz xromosomani ancha batafsil ko'rib chiqish imkoniyatiga egamiz. Sitogenetik xaritalash xromosomani qush ko'zi bilan ko'rish imkonini bersa, zamonaviyroq usullar DNKni ancha yuqori aniqlikda ko'rsatadi. Inson genomi loyihasi genomni aniqlash va ketma-ketlashtirishga qaratilgan


Saratonda xromosomalarni yo'q qilish belgisi - Biologiya

Manba: 18-xromosomaning GeneMap'99 illyustratsiyasidan chapdagi rasm. CCAP veb-sahifasining o'ng tomonidagi rasm "Recurrent aberration Data".

Har bir xromosoma qo'li mintaqalarga bo'linadi, yoki sitogenetik chiziqlar, buni mikroskop va maxsus dog'lar yordamida ko'rish mumkin. Sitogenetik chiziqlar sentromeradan telomerlarga qarab sanab, p1, p2, p3, q1, q2, q3 va boshqalar bilan belgilanadi. Yuqori piksellar sonida pastki diapazonlarni chiziqlar ichida ko'rish mumkin. Sub-bandlar ham sentromeradan telomeraga qarab raqamlangan.

Misol uchun, CFTR genining sitogenetik xaritadagi joylashuvi 7q31.2 bo'lib, bu uning 7-xromosoma, q-qo'l, 3-band, 1-kichik tarmoqli va 2-kichik bandda ekanligini ko'rsatadi.

Xromosomalarning uchlari ptel va qtel bilan belgilanadi. Masalan, 7qtel yozuvi 7-xromosomaning uzun qo'lining oxiriga ishora qiladi.

Strachan, T. va Read, A.P. 1999. Inson molekulyar genetikasi, 2-nashr. Nyu-York: John Wiley & Sons.

GeneMap'99 (xromosoma raqamini bosing).

CCAP veb-sahifasi "Takrorlanuvchi aberatsiya ma'lumotlari" (xromosoma raqamini bosing), Dr. Mitelman, Mertens va Yoxansson.


DNK mos yozuvlar ketma-ketligini kodlash

So'zlashuv nutqidagi muammolar CFTR Mutatsiya nomenklaturasi asosan nukleotid pozitsiyalarini raqamlashda joylashgan. ning so'zlashuv yozuvlari bo'lsa-da CFTR mutatsiyalar GenBank cDNA mos yozuvlar ketma-ketligiga ham asoslangan <"type":"entrez-nucleotide","attrs":<"text":"NM_000492.3","term_id":"90421312","term_text":"NM_000492 .3">> NM_000492.3, so'zlashuv yozuvlari nukleotid raqami 133 da ATG boshlash kodonining A bilan nukleotid raqamlashdan foydalanadi. Kodlovchi DNK ketma-ketligini (�S”) olish mumkin. CFTR oddiygina GenBankdagi CDS havolasini bosish orqali <"type":"entrez-nucleotide","attrs":<"text":"NM_000492.3","term_id":"90421312","term_text":"NM_000492. 3">> NM_000492.3 bu oynani ochadi, unda nukleotidlarni raqamlash ATG boshlash kodonining A nuqtasida ʱ bilan boshlanadi va shu bilan 5′-UTR dan 132 ta nukleotidni yo'q qiladi. Berilgan GenBank qo'shilish raqami uchun faqat bitta kodlovchi DNK mos yozuvlar ketma-ketligi mavjud bo'lib, nukleotidlarning joylashishini aniq tasvirlash mumkin.


Gematopoez va suyak iligi funktsiyasida 5q delektsiyasining biologik ahamiyati

MDS - bu gematopoetik prekursorlar va ularning nasl-nasabi proliferatsiyasi, differentsiatsiyasi va apoptozidagi anomaliyalar natijasida klinik jihatdan samarasiz gematopoez bilan tavsiflangan klonal gematopoetik ildiz hujayralari kasalliklari. Ushbu kasalliklar odatda keksalarda ko'proq uchraydi, tashxis qo'yilgan o'rtacha yoshi 60 dan 80 yoshgacha (3, 20-22). Umuman olganda, klinik ko'rinishda suyak iligi normasi yoki giperhujayrasi bilan bog'liq periferik sitopeniyalar va AMLga o'tish xavfi ortadi. MDSda gipocellular suyak iligi kamroq uchraydi. MDS ning 5q− sindromi kichik turiga xos bo'lgan klinik va gematologik xususiyatlarning qisqacha mazmuni 1-rasmda ko'rsatilgan (11, 13, 15, 22). 5q- sindromi bilan bog'liq suyak iligi xususiyatlariga gipolobulatsiyalangan megakaryotsitlar, eritroid gipoplaziyasi va <5% blastlar kiradi.

5q− sindromining klinik va patologik xususiyatlari.

MDS patogenezida o'simta bostiruvchi genlarning roli. 5q xromosomasida gematopoezni tartibga solishda ishtirok etadigan ko'plab genlar, jumladan, sitokinlar va ularning retseptorlari, hujayra siklini regulyatorlari, transkripsiya omillari va signal mediatorlari mavjud. 5q13 va 5q33 oralig'ida gematologik genlarning to'planishi genetik anormallik va 5q- sindromi va boshqa del (5q) MDS subtiplari klinik xususiyatlari o'rtasidagi bog'liqlikni ko'rsatadi (19, 23).

MDS bilan og'rigan bemorlarda 5q deletsiyasining tarqalishi 5-xromosomaning uzun qo'lida o'simtani bostiruvchi genning paydo bo'lish ehtimolini oshiradi, uning yo'qolishi kasallikning rivojlanishiga olib keladigan asosiy hodisadir. Bunday genni lokalizatsiya qilish bo'yicha urinishlar muhim, minimal o'chirilgan hududlarni aniqlashga olib keldi (24-26). 5q− sindromida gen yo‘qotilishining kritik hududi 5q31-q32 da 1,5 Mb hudud sifatida belgilangan. D5S413 va GLRA1 gen (25, 26). Milliy Biotexnologiya Axborot Markazining (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Omim/getmap.cgi? ). 1-jadvalda 5q- sindromida 5-xromosomaning tez-tez o'chirilgan segmentida lokalizatsiya qilingan genlar tanlovi ko'rsatilgan. Bu hudud genlar bilan yonma-yon joylashgan 5q31.1 da 1,5 Mb mintaqadan ajralib turadi va undan distaldir. IL-9 va EGR-1 va 5q o'chirishni o'z ichiga olgan AML va MDSning boshqa shakllarida o'chiriladi (24, 27). 5q xromosomasida ikkita alohida genomik intervallarning spetsifikatsiyasi boshqa gen yoki genlar guruhi ushbu turli xil miyeloid kasalliklarning patogeneziga hissa qo'shishini anglatadi. Ushbu topilmalar 5q- sindromini 5q deletsiyasini o'z ichiga olgan MDS ning boshqa shakllaridan farqli patogenezga ega bo'lgan MDSning alohida kichik turi sifatida tasniflash bilan mos keladi (28).

5-xromosomada lokalizatsiya qilingan tanlangan genlar (q31-q33)

Bugungi kunga qadar 5q xromosomasida MDS uchun javobgar bo'lgan yagona o'simta bostiruvchi gen aniqlanmagan. Bir qator qiziqarli nomzodlar mavjud bo'lsa-da (masalan, MEGF1 va G3BP), hech kim kasallikning rivojlanishi uchun juda muhim ekanligi ko'rsatilmagan (19, 28). MDSda tez-tez sodir bo'ladigan 5q deletsiyalarining katta hajmi va aniq nomzod genining yo'qligini hisobga olsak, bir nechta genlardan biri MDSga olib kelishi mumkin. Muqobil imkoniyat - gematopoez bilan funktsional bog'liq bo'lgan 5q mintaqasida mavjud bo'lgan bir nechta genlarni yo'q qilish natijasida yuzaga keladigan gen dozalash effekti.

5q− sindromida kasallikning klonal asoslari. MDSdagi boshqa xromosoma anomaliyalari kabi 5q deletsiyalarining chastotasi bu anormalliklarning tasodifiy hodisalar emasligini, balki MDSning klonal evolyutsiyasi va ko'p bosqichli patogenezini aks ettiradi (21, 29). Ko'p bosqichli modelga ko'ra, gematopoetik ildiz hujayralarida o'z-o'zidan paydo bo'lgan yoki yuzaga kelishi mumkin bo'lgan boshlang'ich yoki "birlamchi" genetik lezyonlar o'ziga xos xromosomalarning bosqichma-bosqich yo'qolishi va / yoki ortishi bilan tavsiflangan "ikkilamchi" genetik hodisalarni olishga yordam beradi. hududlar (masalan, 5q−, −7 yoki +8 ref. 29). Ushbu ikkilamchi genetik o'zgarishlar hujayra siklini nazorat qilish, transkripsiya va/yoki o'simta supressor faolligiga ta'sir qilishi mumkin, bu MDS kloniga o'sish ustunligini ta'minlaydi, natijada klonning kengayishi va leykemiya o'zgarishi potentsialiga olib keladi.

5q- sindromida kelib chiqish hujayrasini aniqlash uchun Nilsson va boshqalar. (30) 5q13 va 5q33 bantlari o'rtasida 5q o'chirilishi bilan MDS bemorlaridan tozalangan pluripotent gematopoetik ildiz hujayralari (CD34 + CD38 -). Bularga 5q− sindromi bo'lgan bemorlar kiradi. Deyarli barcha (>90%) CD34 + CD38 - hujayralar 5q- o'chirilgan klonga tegishli bo'lib, bu lenfomiyeloid gematopoetik ildiz hujayrasi MDSda 5q o'chirishning asosiy maqsadi ekanligini va 5q o'chirish MDS patogenezida erta hodisa ekanligini ko'rsatadi (30). Shunisi e'tiborga loyiqki, pluripotent gematopoetik ildiz hujayrasi 5q deletsiyasining asosiy maqsadi bo'lsa-da, etuk limfotsitlar 5q-klonida ishtirok etmaydi, bu esa o'zgartirilgan pluripotent ildiz hujayraning limfotsitlarga nisbatan farqlash qobiliyatiga ega emasligini ko'rsatadi (30).

5q- sindromida suyak iligi ichida 5q31 deletsiyasining hujayra taqsimoti. 5q− sindromi bilan og'rigan bemorlarning suyak iligi smearlarida 5q31 delesiyasi barcha uchta asosiy gematopoetik nasllarda (eritroblastlar, granulotsitlar prekursorlari va megakaryotsitlar refs. 30, 31) topiladi. Bu yuqorida tavsiflangan pluripotent ildiz hujayralarining transformatsiyasiga mos keladi va bir nechta differentsiatsiya yo'llari bo'ylab davom etish qobiliyatini saqlab qoladi (30, 31). Bigoni va boshqalar. (31) 5q- sindromi bo'lgan bemorlarning suyak iligi smearidagi barcha eritrotsitlar doimiy ravishda makrositar bo'lishiga qaramay, 5q31 ning yo'q qilinishi eritroblastlarning atigi 35% dan 50% gacha kuzatilganligini aniqladi. Eritroblastlarning faqat bir qismida 5q31 delektsiyasining mavjudligi suyak iligidagi sitogenetik o'zgargan va normal hujayralarning mozaikligini ko'rsatadi. Ushbu mozaiklik 5q- sindromidagi barcha uchta nasl bo'ylab topilgan va MDSda umumiy hodisaga o'xshaydi (31).

5q deletsiyasining suyak iligi disfunktsiyasiga ta'siri. MDSda samarasiz gematopoez, birinchi navbatda, suyak iligidagi gematopoetik progenitatorlar va ularning nasllarining haddan tashqari apoptozi bilan bog'liq (7, 32). MDSda apoptoz tezligining oshishi ichki hujayra mexanizmlari yoki mahalliy muhitda sitokin/o'sish omili nomutanosibligi tufayli yuzaga kelishi mumkin. 5q- sindromi va 5q deletsiyasi bilan MDSning boshqa shakllarida asosiy genetik anormallikning o'zi bir yoki bir nechta mos keladigan genlarning o'chirilishi tufayli aberrant sitokin ishlab chiqarishga va noto'g'ri signalizatsiyaga olib kelishi mumkin (7). Suyak iligidagi sitokin nomutanosibligi, 5q deletsiyasini o'ziga xos hujayralar saqlaganligidan qat'i nazar, hujayra rivojlanishi va funktsiyasini buzish orqali gematopoezga keng ta'sir ko'rsatishi mumkin. Haqiqatan ham, displastik xususiyatlar 5q o'chirilishi bo'lgan bemorlarning uchta asosiy naslida ham topilishi mumkin (18, 31).

Biroq, 5q deletsiyasi bo'lgan MDS bemorlarida suyak iligi disfunktsiyasi MDSning boshqa shakllariga qaraganda kamroq aniq bo'lishi mumkin. Vashington va boshqalar. (33), masalan, 5q- sindromi bo'lgan bemorlardan ajratilgan suyak iligi hujayralarida apoptozning boshqa refrakter anemiyasi bo'lgan bemorlarga nisbatan ancha pastligini aniqladi. Ular 5q- sindromida past apoptoz kasallikning engilroq klinik kechishini tushuntirishi va 5q- sindromini boshqa MDSdan ajratishi mumkinligini taxmin qilishdi. Bundan tashqari, Lopez-Xolgado va boshqalar. (34) 5q deletsiyasi bo'lgan bemorlarda trisomiya 8 yoki oddiy karyotipi bo'lgan MDS bemorlariga nisbatan miyeloid bilan bog'liq progenitatorlarning yuqori ulushini aniqladi. Bundan tashqari, 5q deletsiyasi bo'lgan bemorlarning miyeloid bilan bog'liq progenitatorlari normal karyotipi yoki monosomiyasi 7 bo'lgan bemorlarning progenitlari bilan solishtirganda uzoq muddatli suyak iligi madaniyatlarida yuqori qoplama samaradorligi bilan ko'rsatilgandek kamroq buzilgan. Boshqa xromosoma anomaliyalariga nisbatan 5q deletsiyasi bo'lgan MDS bemorlarida gematopoezning buzilishi.


Tashkilotlar Tashkilotlar

Yordam va targ'ibot guruhlari boshqa bemorlar va oilalar bilan bog'lanishingizga yordam beradi va ular qimmatli xizmatlarni taqdim etishi mumkin. Ko'pchilik bemorga asoslangan ma'lumotni ishlab chiqadi va yaxshiroq davolash va mumkin bo'lgan davolanish uchun tadqiqotning harakatlantiruvchi kuchi hisoblanadi. Ular sizni tadqiqot, manbalar va xizmatlarga yo'naltirishi mumkin. Ko'pgina tashkilotlarda tibbiy maslahatchi bo'lib xizmat qiladigan yoki shifokorlar/klinikalar ro'yxatini taqdim etadigan mutaxassislar ham bor. Guruh veb-saytiga tashrif buyuring yoki ular taklif qilayotgan xizmatlar haqida bilish uchun ular bilan bog'laning. Ushbu ro'yxatga kiritilishi GARD tomonidan tasdiqlanmaydi.


Fon

Saraton hujayra o'sishi va omon qolishini tartibga soluvchi muhim genlarning funktsiyasiga ta'sir qiluvchi somatik genetik o'zgarishlar, jumladan nuqta mutatsiyalari, nusxa ko'chirish soni o'zgarishi va termoyadroviy hodisalarni bosqichma-bosqich egallash orqali shakllanadi [1]. Ushbu o'zgarishlarga yo'naltirilgan onkogenlar va o'smalarni bostiruvchi genlarni aniqlash saraton patogenezini tushunishda ham, yangi terapevtik zaifliklarni aniqlashda ham taraqqiyotni sezilarli darajada tezlashtirdi [2]. Somatik nusxalar soni o'zgarishi (SCNA) tomonidan maqsad qilingan genlar, xususan, onkogenez va saraton terapiyasida markaziy rol o'ynaydi [3]. Massiv va ketma-ketlik platformalaridagi dramatik yaxshilanishlar minglab saraton genomlarida mavjud bo'lgan SCNAlarning tobora yuqori aniqlikdagi tavsiflanishiga imkon berdi [4-6].

Biroq, SCNAs tomonidan nishonga olingan yangi saraton genlarini kashf qilish ikkita asosiy muammo bilan murakkablashadi. Birinchidan, har bir hujayra bo'linishi paytida somatik o'zgarishlar tasodifiy ravishda olinadi, ulardan faqat ba'zilari ("haydovchi" o'zgarishlar) saraton rivojlanishiga yordam beradi [7]. Selektiv neytral yoki kuchsiz zararli “yo‘lovchi” o‘zgarishlari shunga qaramay, bunday o‘zgarishlarni olib yuruvchi subklon klonal ustunlikni ta’minlovchi selektiv foydali mutatsiyalarni olganida o‘zgarmas bo‘lishi mumkin [8]. Ikkinchidan, SCNAlar bir vaqtning o'zida minglab genlarga ta'sir qilishi mumkin, ammo haydovchi o'zgarishlarining tanlab olingan afzalliklari ushbu genlarning faqat bittasi yoki bir nechtasi tomonidan vositachilik qilishi mumkin. Shu sabablarga ko'ra, haydovchilarni yo'lovchilardan farqlash va ular nishonga olishi mumkin bo'lgan genlarni aniqlash uchun qo'shimcha tahlil va tajribalar talab etiladi.

Haydovchilarni aniqlashning umumiy yondashuvi saraton namunalarining katta to'plamlarini o'rganishdir, chunki haydovchi hodisalari bo'lgan hududlar faqat yo'lovchilar joylashgan hududlarga qaraganda yuqori chastotalarda o'zgartirilishi kerak [4, 6, 7, 9-14]. Masalan, biz GISTIC (Saratondagi muhim maqsadlarni genomik aniqlash) algoritmini ishlab chiqdik [15], u kuzatilayotgan hodisalarning chastotasi va amplitudasini baholash orqali ehtimoliy haydovchi SCNAlarni aniqlaydi. GISTIC ko'plab saraton turlariga, jumladan glioblastoma [10, 15], o'pka adenokarsinomasi [16], melanoma [17], kolorektal karsinoma [18], gepatotsellyulyar karsinoma [19], tuxumdon karsinomasi [20], medulloblastoma [21] uchun qo'llanilgan. , va o'pka va qizilo'ngachning skuamoz karsinomasi [22] va kuchaytirishning bir qancha yangi maqsadlarini aniqlashga yordam berdi (shu jumladan, NKX2-1 [16], CDK8 [18], VEGFA [19], SOX2 [22], va MCL1 va BCL2L1 [4]) va oʻchirishlar (EHMT1 [21]). Ehtimoliy haydovchi SCNA larini aniqlash uchun bir nechta qo'shimcha algoritmlar ham tasvirlangan [23-25] ([26] da ko'rib chiqilgan).

Shunga qaramay, bir nechta muhim muammolar hali mavjud nusxa ko'chirish-raqam tahlili vositalari tomonidan etarli darajada hal etilmagan. Masalan, biz va boshqalar inson saratonida SCNAlarning ko'pligi ularning hajmiga qarab farq qilishini ko'rsatdik, xromosoma uzunligidagi SCNAlar biroz kattaroq yoki kichikroq o'lchamdagi SCNAlarga qaraganda ancha tez-tez uchraydi [4, 27]. Shuning uchun tahlil usullari turli fon stavkalarida yuzaga keladigan SCNA turlarining aralashmasini o'z ichiga olgan murakkab saraton genomlarini modellashtirishi kerak. Mavjud nusxa ko'chirish usullari ham qo'llanilgan maxsus Haqiqiy saraton geni maqsadlariga ega bo'lishi mumkin bo'lgan genomik hududlarni aniqlash uchun evristika. Bu usullarni ta'minlashga qodir emasligi a priori statistik ishonch nusxa ko'chirish-raqam tahlillarini talqin qilishda asosiy cheklov bo'ldi, chunki oxirgi foydalanuvchilar odatda bu natijalarni ko'p vaqt talab qiluvchi tekshirish tajribalari uchun nomzod genlarini birinchi o'ringa qo'yish uchun ishlatadilar.

Bu erda biz ushbu muammolarni hal qilish uchun bir nechta uslubiy yaxshilanishlarni tasvirlaymiz va qayta ko'rib chiqilgan algoritmlarning haqiqiy va simulyatsiya qilingan ma'lumotlar to'plamlarida ishlashini tasdiqlaymiz. Biz ushbu o'zgarishlarni GISTIC 2.0 deb nomlangan qayta ko'rib chiqilgan GISTIC quvur liniyasiga kiritdik.


Xromosoma kasalliklari haqida tez-tez so'raladigan savollar

Xromosomalar nima?
Xromosomalar tana hujayralari ichida joylashgan DNKning tashkiliy to'plamidir.[1] Sizning DNKingizda tanangizga qanday rivojlanishi va ishlashini ko'rsatadigan genlar mavjud. Odamlarda 23 juft xromosoma mavjud (jami 46 ta). Siz har bir xromosoma juftidan birini onangizdan, ikkinchisini otangizdan meros qilib olasiz. Xromosomalar hajmi jihatidan farq qiladi. Har bir xromosomada sentromera mavjud bo'lib, u xromosomani ikkita notekis bo'limga ajratadi. Qisqaroq qismi p qo‘l, uzunroq qismi esa q qo‘l deb ataladi.[1][2] MedlinePlus Genetics xromosomaning foydali rasmiga ega.


Xromosomalarning har xil turlari bormi?
Ha, ikki xil turdagi xromosomalar jinsiy xromosomalar va autosomal xromosomalar mavjud. Jinsiy xromosomalar X va Y xromosomalaridir. Ular sizning jinsingizni (erkak yoki ayol) aniqlaydi. Ayollarda ikkita X xromosoma bor, XX, otasidan bitta X va onadan bitta X. Erkaklar onadan bitta X xromosomaga va otasi XYdan bitta Y xromosomaga ega. Onalar har doim X xromosomasini (o'g'li yoki qiziga) beradi. Otalar bolaning jinsini aniqlaydigan X yoki Y belgisini qo'shishlari mumkin. Qolgan xromosomalar (1-22-juftlar) autosomal xromosomalar deb ataladi. Ular sizning genetik ma'lumotlaringizning qolgan qismini o'z ichiga oladi.[1][2][3][4]


Xromosoma buzilishlarining qanday turlari mavjud?
Xromosoma kasalliklarini ikkita asosiy turga bo'lish mumkin: sonli va tizimli. Raqamli buzilishlar xromosomalar sonining o'zgarishi (46 dan ortiq yoki kamroq) bo'lganda yuzaga keladi. Raqamli kasalliklarga misollar trisomiya, monosomiya va triploidiyani o'z ichiga oladi. Ehtimol, eng mashhur raqamli kasalliklardan biri Daun sindromidir (trisomiya 21).[1][2] Raqamli kasalliklarning boshqa keng tarqalgan turlariga trisomiya 13, trisomiya 18, Klinefelter sindromi va Tyorner sindromi kiradi.

Strukturaviy xromosoma buzilishlari xromosoma ichidagi buzilishlar natijasida yuzaga keladi. Ushbu turdagi buzilishlarda har qanday genning ikkita nusxasi ko'p yoki kamroq bo'lishi mumkin. Genlarning nusxalari sonidagi bu farq ta'sirlangan shaxslarda klinik farqlarga olib kelishi mumkin. Strukturaviy buzilishlar turlariga quyidagilar kiradi: [1][2] (rasmni ko'rish uchun har bir turga bosing)

    , ba'zan qisman monosomiyalar deb nomlanuvchi, xromosoma materialining bir qismi yoki bo'limi yo'qolganda paydo bo'ladi. Deletsiya har qanday xromosomaning istalgan qismida sodir bo'lishi mumkin. Xromosomada faqat bitta tanaffus bo'lsa, o'chirish a deyiladi terminalni o'chirish chunki xromosomaning oxiri (yoki oxiri) yo'q. Xromosomada ikkita tanaffus bo'lsa, o'chirish an deb ataladi interstitsial o'chirish chunki xromosoma moddasining bir qismi xromosoma ichidan yo'qoladi. Mikroskop ostida aniqlash uchun juda kichik bo'lgan o'chirishlar deyiladi mikrodeletsiyalar.[1][2][5] Deletsiyasi boʻlgan odamda maʼlum bir xromosoma segmentining odatdagi ikkita nusxasi oʻrniga faqat bitta nusxasi boʻladi. Ko'proq uchraydigan xromosomalarni yo'q qilish sindromlarining ba'zi misollari orasida cri-du-chat sindromi va 22q11.2 deletsiya sindromi mavjud.
    , ba'zan qisman trisomiyalar deb nomlanuvchi, xromosoma segmentining qo'shimcha nusxasi mavjud bo'lganda paydo bo'ladi. Ikki nusxadagi odamda odatdagi ikkita nusxa o'rniga ma'lum bir xromosoma segmentining uchta nusxasi mavjud. Yo'q qilish kabi, duplikatsiyalar xromosomaning istalgan joyida sodir bo'lishi mumkin.[1][2][5] Duplikatsiya sindromlarining ba'zi misollariga 22q11.2 duplikatsiya sindromi va MECP2 duplikatsiya sindromi kiradi.
    xromosoma segmenti bir xromosomadan ikkinchisiga o'tganda sodir bo'ladi. Balanslangan translokatsiyalarda DNKning aniq daromad yoki yo'qolishi aniqlanmaydi.[1][2][5]
    xromosoma segmenti bir xromosomadan ikkinchisiga ko'chirilganda sodir bo'ladi. Balanssiz translokatsiyalarda DNKning umumiy miqdori o'zgargan (ba'zi genetik materiallar olingan yoki yo'qolgan).[1][2][5]
    xromosoma ikki joydan parchalanib, hosil bo'lgan DNK bo'lagi teskari tomonga o'zgarib, xromosomaga qaytadan kiritilganda paydo bo'ladi. Tsentromera ishtirok etgan inversiyalar deyiladi perisentrik inversiyalar sentromera ishtirok etmaydigan inversiyalar deyiladi parasentrik inversiyalar.[1][2][5]
    bir xil qo'llarga ega g'ayritabiiy xromosomalar - ikkita qisqa (p) qo'l yoki ikkita uzun (q) qo'l. Ikkala qo'l ham sentromeraning bir tomonida, bir xil uzunlikda va bir xil genlarga ega. Pallister-Killian sindromi izoxromosoma mavjudligidan kelib chiqadigan holatga misoldir.[2][5]
    twp xromosoma bo'laklarining g'ayritabiiy birlashishi natijasida yuzaga keladi, ularning har biri sentromerani o'z ichiga oladi.[5]
    bir xil xromosomaning ikkala qo'lining uchlari o'chirilganda hosil bo'ladi, bu esa xromosomaning qolgan singan uchlari "yopishqoq" bo'lishiga olib keladi. Keyin bu yopishqoq uchlari halqa shaklini hosil qilish uchun birlashadi. Xromosomaning ikkala qo'li oxiridagi yo'q bo'lib ketishi DNK yo'qolishiga olib keladi, bu xromosoma buzilishiga olib kelishi mumkin. MedlinePlus Genetics halqa xromosomasining shakllanishida ishtirok etuvchi bosqichlar diagrammasini taqdim etadi.[1][2][5] Halqa holatiga misol 14-ring xromosoma sindromidir.

Xromosoma buzilishlariga nima sabab bo'ladi?
Aniq sabab noma'lum, ammo biz bilamizki, xromosoma anomaliyalari odatda hujayra ikkiga bo'linganda (hujayra o'tadigan oddiy jarayon) sodir bo'ladi. Ba'zida xromosoma anomaliyalari tuxum yoki sperma hujayralarining rivojlanishi paytida (germline deb ataladi), boshqa hollarda esa kontseptsiyadan keyin (somatik deb ataladi) sodir bo'ladi. Hujayra bo'linishi jarayonida hosil bo'lgan hujayralarda to'g'ri miqdordagi xromosomalar tugashi kerak. Biroq, hujayra bo'linishidagi xatolar, ya'ni disjunction deb ataladi, hujayralar butun xromosoma yoki xromosoma bo'lagining juda kam yoki juda ko'p nusxalariga ega bo'lishiga olib kelishi mumkin [1][6] Ba'zi omillar, masalan, ona rivojlangan ona bo'lsa. yosh (35 yoshdan katta) homiladorlikda xromosoma anomaliyalari xavfini oshirishi mumkin.[1]


Mozaiklik nima?
Mozaiklik - bu odamning barcha hujayralarida emas, balki ba'zilarida xromosoma anomaliyalari mavjudligi. Ko'pincha mozaikaning ta'sirini oldindan aytish qiyin, chunki belgilar va alomatlar tananing qaysi hujayralarida xromosoma anomaliyasiga bog'liq.[2][7] MedlinePlus Genetics mozaikaning diagrammasini taqdim etadi.


Xromosoma kasalliklari qanday aniqlanadi?
Rivojlanishda kechikishlar, aqliy nuqsonlar va/yoki jismoniy anomaliyalari bo'lgan odamlarda xromosoma kasalliklaridan shubhalanish mumkin. Bir necha turdagi genetik testlar xromosoma kasalliklarini aniqlashi mumkin:

Qanday belgilar va alomatlar kam uchraydigan xromosoma kasalliklari bilan bog'liq?
Umuman olganda, kam uchraydigan xromosoma kasalliklarining ta'siri turlicha. Xromosoma materialining yo'qolishi yoki ortishi bilan alomatlar jismoniy muammolar, sog'liq muammolari, o'rganishdagi qiyinchiliklar va qiyin xatti-harakatlarning kombinatsiyasini o'z ichiga olishi mumkin. Semptomlar qaysi xromosomalarning qaysi qismlari ishtirok etganiga bog'liq. Xromosoma segmentining yo'qolishi odatda bir xil segmentning qo'shimcha nusxasiga ega bo'lishdan ko'ra jiddiyroqdir. Buning sababi shundaki, siz xromosoma segmentini yo'qotganingizda, tanangiz ishlashi uchun zarur bo'lgan muhim genning bir nusxasini yo'qotishingiz mumkin.[2]

Ko'pchilik ta'sirlangan odamlarda turli darajada yuzaga keladigan noyob xromosoma kasalliklarining umumiy xususiyatlari mavjud. Masalan, 1 dan 22 gacha bo'lgan xromosomalardagi materialning yo'qolishi yoki ortishi bilan ko'pchilik odamlarda ma'lum darajada o'rganish qobiliyati va/yoki rivojlanish kechikishi sodir bo'ladi. Buning sababi shundaki, bu xromosomalarning barchasida normal rivojlanish uchun ko'rsatmalar beradigan ko'plab genlar mavjud. va miyaning faoliyati.[2] Sog'liqni saqlash provayderlari xromosomani qayerda tanaffus (to'xtash nuqtasi) borligini bilish uchun tekshirishlari mumkin. Keyin ular tanaffus joyida qanday genlar ishtirok etishi mumkinligini ko'rib chiqishlari mumkin. Qo'shilgan gen(lar)ni bilish ba'zan, lekin har doim ham emas, belgilar va simptomlarni bashorat qilishga yordam beradi.


Xromosoma kasalliklari irsiy bo'lishi mumkinmi?
Xromosoma kasalliklarining ayrim turlarini meros qilib olish mumkin bo'lsa-da, ko'plab xromosoma kasalliklari avloddan-avlodga o'tmaydi. Irsiy bo'lmagan xromosoma kasalliklari deyiladi de novo , bu “yangi” degan ma’noni anglatadi.[6] Sizning oilangizda ma'lum bir xromosoma buzilishi qanday (va agar) meros bo'lishi mumkinligi haqida genetik mutaxassis bilan gaplashishingiz kerak bo'ladi.

Xuddi shu xromosoma buzilishi bo'lgan odamlarni qanday topish mumkin?
Xromosoma buzilishlarini targ'ib qilish (CDO) xromosoma holati va oilaning moslashuvi haqida ma'lumot beradi. Boshqa oilalar bilan qanday bog'lanish haqida qo'shimcha ma'lumot olish uchun CDO bilan bog'laning.

Xromosoma buzilishi bo'yicha ma'lumot
Pochta qutisi 724
Boka Raton, FL 33429
Oilaviy ishonch telefoni: 561-395-4252
Elektron pochta: [email protected]
Veb-sayt: http://www.chromodisorder.org

Unique - noyob xromosoma kasalliklaridan aziyat chekadigan oilalar va shaxslar uchun ma'lumot va yordam manbai. Ushbu tashkilot Buyuk Britaniyada joylashgan, ammo butun dunyo bo'ylab a'zolarni qabul qiladi. Unique shuningdek, ro'yxatga olingan xromosoma kasalliklari ro'yxatiga ega.

Noyob - noyob xromosoma kasalliklarini qo'llab-quvvatlash guruhi
Birlashgan Qirollik
Telefon: 440 1883 330766
Elektron pochta: [email protected]
Veb-sayt: http://www.rarechromo.org


Xromosoma kasalliklari bo'lgan shaxslar uchun tadqiqot ishlarini qanday topishim mumkin?
Milliy Umumiy Tibbiyot Fanlari Instituti (NIGMS) Inson genetik hujayralari ombori 1972 yilda metabolizmda irsiy nuqsonlar, xromosoma anomaliyalari va boshqa irsiy kasalliklarga chalingan shaxslarning genetik materiallari uchun qulay, markazlashtirilgan manba bilan ta'minlash uchun tashkil etilgan. Ushbu biobank qon yoki to'qima namunalaridan hujayra liniyalari, DNK va boshqa materiallarni yaratadi va bu muhim manbalarni noyob kasalliklarni tashxislash, davolash va oldini olish bo'yicha tadqiqotlarni osonlashtirish uchun butun dunyo bo'ylab olimlarga taqdim etadi. They are interested in collecting samples from individuals with chromosome disorders, including but not limited to: rare trisomies, ring chromosomes, micro deletion/duplication syndromes, and balanced and unbalanced translocations or inversions. Click on the link to learn more about this service.

The Developmental Genome Anatomy Project (DGAP) is a research effort to identify apparently chromosomal rearrangements in patients with multiple congenital anomalies and then to use these chromosomal rearrangements to map and identify genes that are disrupted or dysregulated in critical stages of human development. Click on the link to learn more about this study.

Chromosome Disorder Outreach provides information about latest research articles for chromosome disorders.


When might it be appropriate to speak with a genetics professional?
Individuals or families who are concerned about an inherited condition may benefit from a genetics consultation. The MedlinePlus Genetics Web site provides a list of reasons why a person or family might be referred to a genetics professional.

For more information on a specific chromosome abnormality, we encourage you to speak with a genetics professional. Genetics clinics are a source of information for individuals and families regarding genetic conditions, treatment, inheritance, and genetic risks to other family members.


Videoni tomosha qiling: Словарь молекулярного генетика (Yanvar 2023).